埃米特走后,林允宁在会议室又坐了半个小时,才把那份文献列表仔细看完。


    他把背包搭在肩上,刚走出戈登综合科学中心的大门,诺基亚手机就震动了起来。


    是程新竹。


    “你在哪?!”


    电话那头的声音又急又快,像一串机关枪。


    “刚开完组会,在综合科学中心门口。”


    “别动,等我!”


    五分钟后,一辆半旧的银色本田雅阁一个急刹车停在他面前,车窗摇下来,露出程新竹那张写满兴奋的脸。


    “上车!”


    林允宁拉开车门坐进去,一般混着防晒霜和咖啡味道的暖风扑面而来。


    “去哪?”


    “polsky中心!”


    程新竹一脚油门,车子蹿了出去,“格林伯格教授已经跟那边打过招呼了,我们今天必须把专利申请的初步文件搞定!”


    芝加哥大学的polsky创业与创新中心,坐落在一栋二层红砖小楼里,一楼还是快餐店,看起来并不起眼。


    负责接待他们的,是一个四十多岁的专利律师,西装革履,头发梳得油亮,说话带着法务工作者特有的严谨。


    他看到两人到来,主动站起身,和林允宁握了握手,态度热情得有些过分:


    “林先生,程小姐,你们好,我是学校polsky技术转让中心的法律顾问,马克?约翰逊。


    “我们仔细评估了你们提交的专利申请草案和那篇《细胞》的论文。我必须说,这可能是我们中心今年处理过的,最有价值的一项发明。


    “我们已经启动了加急申请流程,争取在三个月内拿到临时专利号。”


    林允宁和他客套了几句,坐了下来。


    约翰逊从公文包里拿出一沓a4纸。


    那一份长达几十页的、充满了法律术语的专利申请文件。


    “你看,我们已经把框架都拟好了,就是有些技术细节,需要两位来补充完整。”


    接下来的两个小时,林允宁和程新竹就在这位法律顾问的指导下,逐字逐句地完善着专利。


    专利律师相当内行,提出的问题一个比一个刁钻:


    “这个''kl散度’作为约束条件,有没有可能被其他优化算法绕开?”


    “反向传播的核心步骤,如何定义它的排他性,防止别人换个名字就抄袭?”


    林允宁早就研究过相关的法律书籍,对答如流,程新竹则在一旁听得头昏脑涨,时不时用手机查着那些她听不懂的法律术语。


    很快,就到了专利申请的核心部分??


    “权利要求”。


    这东西比写论文还累人。


    程新竹指着一行字,眉头皱得能夹死苍蝇:


    “这个‘权利要求”是什么意思?跟西部片里圈地一样吗?”


    “可以这么理解,程小姐,”


    马克笑着解释,“你们必须用最精确、最没有歧义的语言,来定义你们发明的‘领地’边界。边界划得太宽,容易被无效;划得太窄,别人稍微改动一下就能绕开你们的专利。”


    两人都是各自领域的天才,但在这堆法律条文面前,跟小学生没什么区别。


    好不容易搞定了技术部分,马克合上文件夹,脸上带着职业性的微笑,抛出了一个更现实的问题。


    “好了,技术细节暂时就这样。接下来我们谈谈下一步。林先生,程小姐,格林伯格教授有没有跟你们提过后续的研发计划?”


    “提了,”


    程新竹点了点头,脸上的兴奋褪去,又变得有些愁眉苦脸,“他说,既然我们已经找到了那几个关键的药物靶点,下一步,就是进行大规模的小分子药物筛选。”


    她打开笔记本电脑,调出一个数据库的界面,上面显示着一个惊人的数字。


    “这是zc数据库,”


    她指着屏幕,有气无力地说,“里面收录了超过三千万种已知的,可以商业化购买的化合物。我们要做的,就是用计算机模拟,把这三千万种分子,挨个往我们找到的蛋白质靶点上试验一遍,找到那个能精准嵌合到我们发现


    的‘靶点''上的‘钥匙''!”


    她做了个鬼脸:


    “格林伯格教授说,这叫‘高通量虚拟筛选’。我觉得,这叫‘大海捞针”。''


    约翰逊律师在一旁补充道:


    “我听格林伯格教授说,他预计,按照现有的计算方法,用医学院那台beowulf集群,跑完这三千万种化合物,大概需要......两年。”


    林允宁看着屏幕上那密密麻麻的分子式,没说话。


    他的大脑,又开始以一种常人无法理解的方式运转起来。


    暴力筛选......计算对接能量......


    这不还是在“积分”吗?


    还是在用最笨的办法,去遍历一个天文数字般的可能性空间。


    他脑中闪过秦雅那个手性催化剂的难题,闪过自己用“几何约束”解决问题的思路。


    一个全新的想法,开始在他脑中成型。


    “我们为什么要计算‘能量''?”


    他忽然开口。


    在场的另外两人都愣了一下,齐齐看向他。


    “不然呢?”


    程新竹不解地问,“药物和靶点结合,不就是能量最低最稳定吗?"


    “是,但那只是结果。”


    林允宁拿起笔,在草稿纸上画了一个钥匙,和一个锁芯的截面图。


    “我们现在做的,是拿着三千万把奇形怪状的钥匙,去试一把锁。每一把都插进去拧一下,看看能不能打开。这太慢了。”


    他看着程新竹,问道:


    “我们为什么不直接观察这把锁的‘形状,然后只挑那些看起来能插进去的钥匙去试呢?


    “药物筛选,本质上不是一个能量问题,这是一个‘几何匹配问题!”


    他越说思路越清晰:


    “我们不需要去精确计算每一个分子和蛋白质靶点的结合能。我们可以换个思路,用机器学习,去学习”它们之间的几何匹配模式。”


    “机器学习?”


    程新竹和马克都皱起了眉。


    这个想法,听起来好像天方夜谭,不像是科研,更像是某种“炼金术”。


    “对。”


    林允宁的语速开始加快,“我们可以搜集几千个已知的,已经成功的药物和靶点复合物的晶体结构数据,把它们喂给一个神经网络。


    “让机器自己去学,什么样的分子形状”,对应什么样的蛋白质“口袋”。


    “训练完成后,我们就能得到一个模型。你把任何一个新的小分子结构输进去,它就能在几秒钟内告诉你,这个分子能和我们的靶点匹配''上的概率有多大,也就是它的''成药性''。”


    他看着目瞪口呆的程新竹,说出了自己的计划:


    “我要给aether开发一个新模块,就叫''aether_struch''。”


    就在这时,一个沉稳的声音从他们身后传来。


    “想法很超前,林。但你想过没有,你要的训练数据从哪来?谁来帮你标注?这等于是在一片荒地上,凭空开辟一个新领域。”


    格林伯格教授不知何时走了过来,手里端着一杯咖啡。


    他显然听到了刚才的对话。


    “而且,就算你做出来了,这个模型的可靠性怎么验证?制药公司可不会相信一个‘黑箱’给出的结果。”


    格林伯格的评价很客观,他既看到了这个想法的潜力,也指出了其中致命的困难。


    最关键的问题是,在2006年,机器学习的方法还没有普及到制药行业,更像是一个噱头而非真正解决问题的方法论。


    格林伯格教授看着林允宁,眼神很诚恳:


    “这已经不是一个算法问题了。你想做的,是凭空开辟一个全新的交叉学科。这至少是一个博士课题,甚至是一个学者毕生的事业。你......有那么多时间吗?”


    这番话像一盆冷水,浇熄了程新竹刚刚燃起的希望。


    她知道,格林伯格教授说的是对的。


    林允宁也沉默了。


    会议结束,专利律师约翰逊先行离开。


    格林伯格教授却没有走,他叫住了正准备离开的林允宁。


    “林,关于专利的事,我以一个长辈的身份,给你提个醒。”


    他喝了口咖啡,语气很随意,“这项技术的价值很大。如果专利所有权在你个人名下,未来一旦产生收益,光是个人所得税就是一笔天文数字。而且,你一个学生,也很难去和那些大型制药公司进行商业谈判。”


    “那您的意思是?”


    “我建议你成立一个公司,”


    格林伯格说,“一个专门持有和运营这些技术专利的小型技术公司。这样既能合理避税,也方便未来进行融资和商业化运作。


    “学校的polsky中心虽然能帮忙,但他们会拿走收益的大头。你们自己干,主动权在自己手里。”


    林允宁和程新竹对视了一眼,都从对方眼里看到了两个字:惜了。


    开公司?


    这已经完全超出了他们的认知范围。


    “我只是个建议,”


    格林伯格笑了笑,“不过,你们确实需要一个精通商业的合作伙伴。以后,类似反向传播算法这样的专利只会越来越多,光靠你们两个技术人员,玩不转的。”


    送走格林伯格,林允宁陷入了沉思。


    a111......


    他脑中忽然闪过一个身影。


    那个穿着一身干练职业装,在金陵的饭局上,条理清晰地分析着电竞商业模式的女孩。


    史天乐的妹妹,方雪若。


    他抱着试一试的心态,回到实验室,打开了自己的gil邮箱。


    他找到方雪若之前留下的联系方式,写了一封简短的邮件,附上了已经接收的《细胞》论文和专利申请草案。


    【方小姐,你好。我是林允宁。我最近在美国这边,和朋友做了一个生物信息学方面的小工具,解决了一些技术难题,正在申请专利。我本人对商业运作一窍不通,冒昧地想请您作为专业人士,评估一下这东西的商业价值。


    如果感兴趣,我们可以探讨未来合作的可能性。】


    邮件发出,林允宁也没太在意,关掉邮箱,重新投入到了“信息几何学”的推导中。


    当天晚上十一点,实验室。


    林允宁正对着白板苦思冥想,口袋里的诺基亚忽然震动起来。


    是一个陌生的,来自纽约的号码。


    他疑惑地接起。


    电话那头,传来一个清脆、干练,但又带着一丝慵懒的女声。


    “林允宁?”


    “是我,你是?"


    “我是方雪若。”


    林允宁愣了一下,没想到她会直接打电话过来。


    电话那头的雪若没有任何寒暄,直入主题,语速极快,充满了华尔街的风格。


    “邮件和技术文档收到了,看起来挺有前景的。但。我会让我的团队做一个初步的尽职调查。


    她顿了顿,似乎是在翻看日程表。


    “下周末等我电话,能合作的话,我会飞到芝加哥,当面谈。”